湖南省種子管理局是省級農作物種子管理機構，負責貫徹國家有關種子的法律法規和方針、政策，制定并組織實施全省種子發展建設規劃；負責湖南省種子工程總體規劃的制定，種子行業統計和種子工程項目的管理與監督；負責主要農作物品種的審定、引種批復和非主要農作物品種的登記；負責保護和管理種質資源；承擔農業植物新品種保護工作；
負責核發主要農作物種子生產許可證、農作物種子經營許可證和監督管理種子生產、經營活動，轉基因農作物種子廣告審查，進出口種子審核及管理；負責種子質量監督管理，農作物種子質量檢驗機構的考核，種子生產、經營、檢驗人員的考核和資格認證；負責國家救災備荒種子的管理和省級救災備荒種子的計劃編制、管理；負責組織農作物種子質量糾紛田間現場鑒定，調解種子糾紛案件和市場監管工作。