上海市農業科學院成立于1960年。經過50余年的建設，現已發展成為一個學科較齊全、設備先進、學術水平較高、成果轉化能力較強、為上海和全國農業發展提供強有力支撐的地方綜合性農業科研機構。
目前，全院下設作物育種栽培研究所、林木果樹研究所、設施園藝研究所、食用菌研究所、畜牧獸醫研究所、生態環境保護研究所、農業科技信息研究所（數字農業工程與技術研究中心）、生物技術研究所、農產品質量標準與檢測技術研究所、上海市農業生物基因中心等10個研究機構， 1個綜合服務中心和1個綜合試驗站。擁有17個和部級科技創新平臺和成果轉化平臺，8個市級科技平臺。館藏各類中外書刊30余萬冊。
全院現有在職職工908名，其中專業技術人員555名，國家及地方領軍人才16名，高級專業技術職務科技人員221名（研究員95名），碩、博士386名（博士133名），享受特殊津貼專家71名，擁有博士后科研工作站1個；形成了糧油作物種質創新與推廣應用、園藝作物新品種選育與高效栽培、食用菌種質創制與產業化技術、畜禽新品種選育與健康養殖、生態農業與植物病蟲害綠色防控、農產品質量與保鮮加工技術、農業生物技術與資源評價利用、現代農業經濟與數字農業技術等八大優勢學科（領域）；與30多個國家或地區開展科技交流和合作研究；編輯出版《上海農業學報》、《食用菌學報》和《食用菌》等7種學術類、技術類刊物；重點培育種子種苗、食（藥）用菌、生物疫苗三大科技產業；科技服務立足上海、輻射長三角，服務全國，在上海和全國各地建有新品種和技術示范基地170余個。50多年來，取得各類科技成果1340余項，獲部、市級以上科技獎勵成果349項，其中，科技獎勵23項，部、市級科技進步一等獎28項；獲得專利和植物新品種權、通過審（認）定品種670余件，其中通過國家審（認）定品種45件；發表論文4770篇，出版專著和編著220余部；自2003年起連續九年獲上海市文明單位榮譽稱號，2011年獲全國文明單位榮譽稱號。
面對新形勢，市農科院將始終把科技創新作為立院之本，把加速農業科技進步、提升農業科技化水平作為根本任務，把促進農業穩定發展和農民持續增收作為根本宗旨，通過大力實施農業科技創新工程、推廣應用科技成果、積極開展科技合作共建、開展農民培訓等有力措施，為推動上海城鄉一體化發展，為上海率先實現農業現代化，為大力推進上海農業生態文明建設做出新的貢獻。